Zgodnie z Załącznikiem nr 3 do Rozporządzenia Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 24 lutego 2017 r. w sprawie terytorialnego zasięgu działania oraz siedzib dyrektorów izb administracji skarbowej, naczelników urzędów skarbowych i naczelników urzędów celno-skarbowych oraz siedziby dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej (Dz.U. 2017 poz. 393), terytorialny zasięg działania Naczelnika Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Gdyni obejmuje: województwo pomorskie oraz morskie wody wewnętrzne, morze terytorialne, morskie porty i przystanie od wschodniej granicy państwa do południka 16°42'00" długości geograficznej wschodniej, z wyłączeniem wód Zalewu Wiślanego.
Ponadto, na mocy Załącznika nr 2 do Zarządzenia Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 1 marca 2017 r. w sprawie utworzenia delegatur jednostek organizacyjnych Krajowej Administracji Skarbowej oraz terytorialnego zasięgu ich działania i siedzib (Dz. Urz. Min. Roz. i Fin., poz. 42), terytorialny zasięg działania:
- Delegatury Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Gdańsku obejmuje powiaty: gdański, kwidzyński, malborski, nowodworski, starogardzki, sztumski, tczewski oraz miasto Gdańsk;
- Delegatury Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Gdyni obejmuje powiaty: kartuski, kościerski, pucki, wejherowski oraz miasta Gdynia i Sopot;
- Delegatury Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Słupsku obejmuje powiaty: bytowski, chojnicki, człuchowski, lęborski, słupski oraz miasto Słupsk.
Dodatkowo Naczelnik Urzędu może wykonywać kontrolę celno-skarbową na całym terytorium Rzeczypospolitej Polskiej, o czym stanowi art. 61 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz.U. poz. 1947 z późn. zm.).
Na mocy rozporządzenia Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 30 marca 2017 r. (Dz.U. poz. 702) Naczelnik Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Gdyni został wyznaczony z dniem 1 kwietnia 2017 r. jako właściwy w sprawach rejestracji i eksploatacji automatów do gier, urządzeń losujących i urządzeń do gier na obszarze województwa pomorskiego oraz pełnomorskich statków pasażerskich i promów pasażerskich polskiej przynależności, na których są zlokalizowane kasyna gry.
