W Pomorskim Urzędzie Celno-Skarbowym w Gdyni prowadzone są ewidencje i rejestry, m.in. na podstawie:
- Zarządzenia Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 28 lutego 2017 r. w sprawie wprowadzenia instrukcji kancelaryjnej izb administracji skarbowej, urzędów skarbowych i urzędów celno-skarbowych oraz instrukcji w sprawie organizacji i zakresu działania archiwum zakładowego izb administracji skarbowej,
- Zarządzenia Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 28 lutego 2017 r. w sprawie wprowadzenia jednolitego rzeczowego wykazu akt w izbach administracji skarbowej, urzędach skarbowych i urzędach celno-skarbowych,
- Zarządzenia Ministra Rozwoju i Finansów z dnia 1 marca 2017 r. w sprawie w sprawie zasad i trybu wykonywania czynności kancelaryjnych oraz zasad klasyfikowania i kwalifikowania dokumentacji w wyodrębnionych komórkach organizacyjnych urzędu obsługującego ministra właściwego do spraw finansów publicznych i urzędów celno-skarbowych, w których funkcjonariusze Służby Celno-Skarbowej wykonują czynności operacyjno-rozpoznawcze,
- Zarządzenia nr 3 Ministra Finansów z dnia 20 stycznia 2015 r. w sprawie prowadzenia rejestrów oraz przekazywania informacji w sprawach sądowoadministracyjnych.
Zgodnie z art. 53, art. 94 ust. 1, art. 105, art. 112, art. 143 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej, do spraw o których mowa w Dziale IV i Dziale V Rozdziale 5 ww. ustawy oraz w zakresie nieuregulowanym do kontroli celno-skarbowej, czynności audytowych i urzędowego sprawdzenia - mają zastosowanie przepisy Działu VII ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa dot. obowiązku zachowania tajemnicy skarbowej.
