Terytorialny zasięg działania Naczelnika Urzędu Skarbowego w Malborku obejmuje powiat malborski, w skład którego wchodzą:

• miasto Malbork,
• gminy:
  • Lichnowy, Malbork, Miłoradz, Nowy Staw, Stare Pole,
• powiat nowodworski obejmujący:
  • miasto Krynica Morska,
  • gminy: Nowy Dwór Gdański, Ostaszewo, Stegna, Sztutowo,
• powiat sztumski obejmujący:
  • gminy: Dzierzgoń, Mikołajki Pomorskie, Stary Dzierzgoń, Stary
    Targ, Sztum.