Pomorski Urząd Celno-Skarbowy w Gdyni wraz z podległymi Oddziałami Celnymi – w myśl art. 33 ust. 2, art. 36 ust. 1 pkt 5 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz.U. z 2018.,poz. 508 z późn. zm.) - stanowi jednostkę organizacyjną Krajowej Administracji Skarbowej, przy pomocy której swoje zadania wykonuje Naczelnik Urzędu Celno-Skarbowego w Gdyni.
Natomiast w sprawach organizacyjno-finansowych Izba Administracji Skarbowej w Gdańsku wraz z podległymi urzędami skarbowymi oraz Pomorskim Urzędem Celno-Skarbowym w Gdyni stanowi jedną jednostkę organizacyjną, której kierownikiem jest Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku - art. 37 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz.U. z 2018r., poz. 508 z późn. zm.).
